Die Geschichte des dritten Teils erzählt nach der Art eines Prequels die Vorgeschichte zum ersten Teil der Serie und handelt vom Konflikt zwischen den beiden Brüdern Dante und Vergil. Wieder schlüpft man in die Rolle von Dante, mit dem Ziel den magischen Turm Temen-ni-gru zu besteigen und somit zu verhindern, dass das Tor zur Dämonenwelt geöffnet wird. Dabei versucht Dante die finsteren Pläne seines Zwillingsbruders Vergil zu durchkreuzen.
